코스모 워리어 제로 30세기 말엽 자유와 무법이 판치는 심연의 우주에 새로운 유형의 인조인간이 지구로 나타나기 시작했다. 인조인간은 영원한 생명과 진보된 기술력을 바탕으로 점점 잔인하고 냉혈안이 되어가고,이에 인간들은 인조인간의 지배에 대항하였지만 인간의 패배로 막을 내렸다. 지구의 인간들 중 몇몇은 마지못해 새로운 지배자에 순응하고 몇몇은 지구를 떠나 우주에서 인간의 미래를 꿈꾸고자 했다. 인간과 인조인간의 전쟁으로 가족을 잃은 독립 함대 사령관 제로는 지구 군을 맡고 있었다. 그에게는 인생의 힘든 시기에 곁에 있어준 하록 선장이라는 친구가 있었지만…